აუტოიმუნური დაავადებების დროს, ორგანიზმის მიერ გამომუშავებული უჯრედები ან ანტისხეულები, საკუთარ ქსოვილებს ებრძვიან. აღნიშნული დაავადებები იწვევენ სხვადასხვა ორგანოს შემაერთებელი ქსოვილის დაზიანებას. შემაერთებელი ქსოვილი სტრუქტურული ქსოვილია, რომელიც სიმტკიცეს მატებს სახსრებს, მყესებს, იოგებს და სისხლძარღვებს.
აუტოიმუნური დაავადებების დროს ანთება და იმუნური სისტემის პასუხი შემაერთებელი ქსოვილის დაზიანებას იწვევს არა მარტო სახსრის ირგვლივ, არამედ სხვა ქსოვილებშიც, მათ შორის, სასიცოცხლო მნიშვნელობის და კუჭ-ნაწლავის ტრაქტის ორგანოებში. ასევე შესაძლებელია გულის (პერიკარდიუმი) და ფილტვების მფარავი გარსების და თავის ტვინის დაზიანება. სიმპტომები და მათი სიმძიმე დამოკიდებულია იმაზე, თუ რომელი ორგანოა დაზიანებული.
შემაერთებელი ქსოვილის აუტოიმუნური დაავადებების დიაგნოზი სიმპტომების, ფიზიკური გასინჯვით მიღებული მონაცემების და ლაბორატორული კვლევის შედეგების მიხედვით ისმება. ზოგჯერ ერთი დაავადების სიმპტომები სხვა დაავადების სიმპტომთა მსგავსია, იმდენად, რომ ექიმს გადაწყვეტილების მიღება შეიძლება გაუჭირდეს. ასეთ შემთხვევაში, დაავადება შეიძლება მოიხსენიონ, როგორც შემაერთებელი ქსოვილის არადიფერენცირებული პრობლემა.