ენდოკრინული სისტემის ძირითად ჯირკვლებს, რომლებიც ერთ ან მეტ სპეციფიკურ ჰორმონს გამოყოფენ, მიეკუთვნება ჰიპოთალამუსი, ჰიპოფიზი, ფარისებრი ჯირკვალი, ფარისებრახლო ჯირკვლები, კუჭქვეშა ჯირკვლის ანუ პანკრეასის კუნძულები, თირკმელზედა ჯირკვლები, სათესლე ჯირკვლები მამაკაცებში და საკვერცხეები – ქალებში. ორსულობის დროს პლაცენტა სხვა ფუნქციებთან ერთად ენდოკრინული ჯირკვლის როლსაც ასრულებს.
ყველა ის ორგანო, რომელიც ჰორმონებს ან მათს მსგავს ნივთიერებებს გამოყოფს, ენდოკრინული სისტემის ნაწილად არ ითვლება. მაგალითად, თირკმლები ჰორმონ რენინს გამოიმუშავებენ არტერიული წნევის დასარეგულირებლად და ერითროპოეტინს – ძვლის ტვინში სისხლის წითელი უჯრედების წარმოქმნის გასაძლიერებლად. გარდა აღნიშნულისა, საჭმლის მომნელებელი სისტემაც მრავალ ჰორმონს გამოყოფს, რომლებიც მონელების პროცესს არეგულირებენ, გავლენას ახდენენ პანკრეასიდან ინსულინის გამოყოფასა და ადამიანის ქცევაზე, მაგალითად, შიმშილთან დაკავშირებულ ქცევაზე. ჰორმონებს ცხიმოვანი (ადიპოზური) ქსოვილიც გამოყოფს. ეს ჰორმონები ნივთიერებათა ცვლასა და მადას არეგულირებენ. ამასთან, ტერმინი "ჯირკვალი" სულაც არ ნიშნავს, რომ ეს ორგანო ენდოკრინული სისტემის ნაწილია. ასე, მაგალითად, საოფლე ჯირკვლები, აგრეთვე, ლორწოვანი გარსებისა და სარძევე ჯირკვლები ჰორმონებისგან განსხვავებულ ნივთიერებებს გამოყოფენ.