ენდოკრინული სისტემის მუშაობის გასაკონტროლებლად თითოეული ჰორმონის გამოყოფა ზედმიწევნით ზუსტად უნდა რეგულირდებოდეს. ორგანიზმს, როგორც წესი, შეუძლია "მიხვდეს", ამ ნივთიერებების უფრო მეტი რაოდენობაა საჭირო თუ ნაკლები.
მრავალი ენდოკრინული ჯირკვლის ფუნქციონირება ჰიპოთალამუსიდან და ჰიპოფიზიდან მოსული სიგნალების მოქმედებით რეგულირდება. ჰიპოთალამუსი თავის ტვინში მდებარეობს, ჰიპოფიზი კი – მის ფუძეზე. ამ ურთიერთქმედებას ჰიპოთალამუს-ჰიპოფიზის ღერძსაც უწოდებენ. ჰიპოთალამუსი რამდენიმე ჰორმონს გამოყოფს, რომლებიც ჰიპოფიზის მუშაობას აკონტროლებენ. ამასთან, თავად ჰიპოფიზს ხშირად მთავარ ჯირკვალსაც უწოდებენ და იგი მრავალი სხვა ენდოკრინული ორგანოს ფუნქციონირებას არეგულირებს. მისი ვალია, გააკონტროლოს ჰორმონების სეკრეციის სიჩქარე უკუკავშირით მიღებული სიგნალების მიხედვით – ეს ნიშნავს, რომ სისხლში ჰორმონების კონცენტრაცია განსაზღვრავს, როგორ უნდა იმუშაოს ჰიპოფიზმა – უფრო გაძლიერებულად თუ ნაკლებად აქტიურად.
ენდოკრინული სისტემის ფუნქციონირებაზე მრავალი სხვა ფაქტორიც ახდენს გავლენას. მაგალითად, ჩვილის მიერ დედის ძუძუს წოვისას, დვრილის სტიმულაციით სიგნალი გადაეცემა ჰიპოფიზს, რომ გამოიმუშაოს უფრო მეტი პროლაქტინი და ოქსიტოცინი, რომლებიც რძის წარმოქმნასა და გამოყოფაში მონაწილე ჰორმონებია. სისხლში შაქრის დონის აწევისას პანკრეასის კუნძულების უჯრედები სტიმულირდებიან, რათა მეტი ინსულინი გამოათავისუფლონ. ნერვული სისტემის ერთი ნაწილი თირკმელზედა ჯირკვლებზე ზემოქმედებს და მეტი ეპინეფრინის (ადრენალინის) გამომუშავებას იწვევს.